از سال 95هجری که سال درگذشت امام زین العابدین ( ع ) است آغاز شد و تا سال 114ه . یعنی مدت 19سال و چند ماه ادامه داشته است .

در دوره امامت امام محمد باقر ( ع ) و فرزندش امام جعفر صادق ( ع ) مسائلی مانند انقراض امویان و بر سر کار آمدن عباسیان و پیدا شدن مشاجرات سیاسی و ظهور سرداران و مدعیانی مانند ابوسلمه خلال و ابومسلم خراسانی و دیگران مطرح است ، ترجمه کتابهای فلسفی و مجادلات کلامی در این دوره پیش می آید ، و عده ای از مشایخ صوفیه و زاهدان و قلندران وابسته به دستگاه خلافت پیدا می شوند . قاضیها و متکلمانی به دلخواه مقامات رسمی و صاحب قدرتان پدید می آیند و فقه و قضاء و عقاید و کلام و اخلاق را - بر طبق مصالح مراکز قدرت خلافت شرح و تفسیر می نماید ، و تعلیمات قرآنی - به ویژه مسأله امامت و ولایت را ، که پس از واقعه عاشورا و حماسه کربلا ، افکار بسیاری از حق طلبان را به حقانیت آل علی ( ع ) متوجه کرده بود ، و پرده از چهره زشت ستمکاران اموی و دین به دنیا فروشان برگرفته بود ، به انحراف می کشاندند و احادیث نبوی را در بوته فراموشی قرار می دادند . برخی نیز احادیثی به نفع دستگاه حاکم جعل کرده و یا مشغول جعل بودند و یا آنها را به سود ستمکاران غاصب خلافت دگرگون می نمودند .

اینها عواملی بود بسیار خطرناک که باید حافظان و نگهبانان دین در برابر آنها بایستند . بدین جهت امام محمد باقر ( ع ) و پس از وی امام جعفر صادق ( ع ) از موقعیت مساعد روزگار سیاسی ، برای نشر تعلیمات اصیل اسلامی و معارف حقه بهره جستند ، و دانشگاه تشیع و علوم اسلامی را پایه ریزی نمودند.

زیرا این امامان بزرگوار و بعد شاگردانشان وارثان و نگهبانان حقیقی تعلیمات پیامبر ( ص ) و ناموس و قانون عدالت بودند ، و می بایست به تربیت شاگردانی عالم و عامل و یارانی شایسته و فداکار دست یازند ، و فقه آل محمد ( ص ) را جمع و تدوین و تدریس کنند . به همین جهت محضر امام باقر ( ع ) مرکز علماء و دانشمندان و راویان حدیث و خطیبان و شاعران بنام بود . در مکتب تربیتی امام باقر ( ع ) علم و فضیلت به مردم آموخته می شد .
امام باقر ( ع ) دارای خصال ستوده و مؤدب به آداب اسلامی بود . سیرت و صورتش ستوده بود . پیوسته لباس تمیز و نو می پوشید . در کمال وقار و شکوه حرکت می فرمود .

از آن حضرت می پرسیدند : جدت لباس کهنه و کم ارزش می پوشید ، تو چرا لباس فاخر بر تن می کنی ؟ پاسخ می داد : مقتضای تقوای جدم و فرمانداری آن روز ، که محرومان و فقرا و تهیدستان زیاد بودند ، چنان بود . من اگر آن لباس بپوشم در این انقلاب افکار ، نمی توانم تعظیم شعائر دین کنم .

امام پنجم ( ع ) بسیار گشاده رو و با مؤمنان و دوستان خوش برخورد بود .
با همه اصحاب مصافحه می کرد و دیگران را نیز بدین کار تشویق می فرمود . در ضمن سخنانش می فرمود : مصافحه کردن کدورتهای درونی را از بین می برد و گناهان دو طرف - همچون برگ درختان در فصل خزان - می ریزد . امام باقر ( ع ) در صدقات و بخشش و آداب اسلامی مانند دستگیری از نیازمندان و تشییع جنازه مؤمنین و عیادت از بیماران و رعایت ادب و آداب و سنن دینی ، کمال مواظبت را داشت .

می خواست سنتهای جدش رسول الله ( ص ) را عملا در بین مردم زنده کند و مکارم اخلاقی را به مردم تعلیم نماید . در روزهای گرم برای رسیدگی به مزارع و نخلستانها بیرون می رفت ، و با کارگران و کشاورزان بیل می زد و زمین را برای کشت آماده می ساخت . آنچه از محصول کشاورزی - که با عرق جبین و کد یمین - به دست می آورد در راه خدا انفاق می فرمود .

بامداد که برای ادای نماز به مسجد جدش رسول الله ( ص ) می رفت ، پس از گزاردن فریضه ، مردم گرداگردش جمع می شدند و از انوار دانش و فضیلت او بهره مند می گشتند .
مدت بیست سال معاویه در شام و کارگزارانش در مرزهای دیگر اسلامی در واژگون جلوه دادن حقایق اسلامی - با زور و زر و تزویر و اجیر کردن عالمان خود فروخته - کوشش بسیار کردند .